Hitomi Kanzaki es una estudiante de secundaria promedio. Del mismo modo que es una excelente atleta, también es portadora de un poder excepcional para percibir el futuro de los demás a través de una baraja del tarot y últimamente ha tenido visiones extrañas de personas y seres fantásticos. Un día mientras corre en la pista del colegio tras las clases se materializan frente ella un muchacho con armadura peleando con un dragón al que arranca una gema desde su corazón tras lograr matarlo gracias a las predicciones de Hitomi, no obstante ambos son transportados al mundo de Gaea de donde es originario Van.

Gaea es un mundo en un plano alternativo establecido por los habitantes de Atlántida cuando comenzó a hundirse en el océano, tiene 100 países diferentes y desde allí la Tierra es visible en el cielo, siendo conocida como "La Luna fantasma". En este mundo medieval de fantasía existe la magia, los hombres bestia, monstruos sobrenaturales y los Guymelef, gigantescos mechas con forma de guerreros armados con espadas y armas blancas pilotados por caballeros y samuráis en las batallas.

Van viene a ser el heredero del reino de Fanelia, quien necesitaba la joya del dragón para pasar la prueba que lo reconocería como legítimo rey y le permitiera comandar a Escaflowne, un legendario guymelef en quien se fusiona la magia y la tecnología más poderosa. Infortunadamente poco antes de la coronación un ejército de misteriosos guymelef invisibles embisten la ciudad y el reino es destruido logrando escapar Van y Hitomi iniciando así un viaje donde deberán pelear y hacer aliados para restituir el reino de Fanelia, salvar Gaea y ayudar a Hitomi a regresar a Japón