El primer estremecimiento en la solitaria vida de Lain Iwakura sucede cuando se entera de que los estudiantes de su escuela han recibido extraños correos electrónicos póstumos de Chisa Yomoda, una compañera de clase que se suicidó. Lain recibe un mensaje en su casa, en el que Chisa le dice que no se trata de una broma y que se encuentra con Dios. A partir de entonces, Lain inicia un camino que la llevará a adentrarse cada vez más en la red, similar al internet actual- y en sus propios pensamientos. Después de ello, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi y así intentar comunicarse nuevamente con Chisa.

Paulatinamente, la vida de Lain comienza a desarrollarse solo a través de Wired, por lo que su única amiga Alice comienza a preocuparse, incitándola a que comience a salir con ella y sus amigas. Así, conoce la existencia de un misterioso Psycho chip, que tiempo después le permite entrar al Wired de forma libre, y que gradualmente la convierte en un ser omnipotente dentro de la Red, como una especie de dios. Conforme Lain va descubriendo más al respecto, nota que unos extraños hombres de negro comienzan a vigilar su casa, al igual que los Knights/Caballeros (especies de hackers dentro del Wired).

Gradualmente, Lain se hace famosa dentro de la Red, ganando un gran prestigio, con lo que también incrementa su poder, y, en consecuencia, pierde el interés por vivir en el mundo real. A medida que descubre nuevas cosas, sus amigas comienzan a recibir rumores acerca de su otra personalidad (su otro yo del Internet, que es completamente distinto), creándose confusión. Finalmente, descubre que ha dejado de reconocer a su verdadera personalidad, y comienza a preguntarse "¿quién es Lain?".