Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida poco después de una violenta pelea a tres bandas entre Mugen el vagabundo, Jin el samurái errante, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al concluir el combate, Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu les ayuda a escapar a cambio de que la ayuden a encontrar al "samurái que huele a girasoles". A pesar de consentir al trato, Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro, en una rivalidad casi profesional. Ambos samuráis tienen un pasado borroso. Así, la historia narra sus viajes entre senderos y pasajes oscuros, y cómo arreglan los líos en los que se meten.​