La trama se desenvuelve en un instituto (Academia Honnoji) donde los estudiantes poseen uniformes (uniformes goku) que aumentan sus habilidades y dependiendo de la cantidad de fibras vivas de combate se describen mediante estrellas (10% 1 estrella, 20% 2 estrellas, 30% 3 estrellas). Estos uniformes se dan gracias a la intermediación del hilo rojo con cada personaje. La presidenta del consejo estudiantil, Satsuki Kiryūin, asigna las reglas por la fuerza con ayuda de los cuatro de élite. No obstante, una estudiante de intercambio nombrada Ryuko Matoi se la halla en su camino, empuñando una espada de tijera y una prenda divina elaborada 100% de fibras vivas de combate al que bautiza como Senketsu (sangre fresca). Ryuko reta interminablemente a Satsuki para saber la verdad de quien es el asesino de su padre, siendo que tras varios intentos fallidos Satsuki le da la palabra de que si derrota a todos los presidentes de los clubs, tendrá un enfrentamiento contra ella y le dará una respuesta.