Ambientada en el siglo XXI, Ghost in the Shell se muestra en una primera lectura como un thriller futurista de espionaje, al relatar las misiones de Motoko Kusanagi, la mayor a cargo de las operaciones encubiertas de la Unidad Policial de Seguridad Pública 9, o simplemente Sección 9, especializada en crímenes tecnológicos. La propia Kusanagi es un cyborg, quien posee un cuerpo artificial, lo que le concede ser capaz de realizar hazañas heroicas especialmente requeridas por su labor.

La ambientación de Ghost in the Shell es innegablemente ciberpunk, y recuerda a la famosa Trilogía del Sprawl de William Gibson. No obstante, a diferencia de Gibson, Shirow se interesa más en las consecuencias éticas y filosóficas de la popularización de la unión entre hombre y máquina, el progreso de la inteligencia artificial y una red de computadoras difundidas, temas enfocados en especial a la identidad del ser humano y lo particular de su existencia.

Es este un futuro avanzado, la aplicación cotidiana de la tecnología cyborg y el perfeccionamiento de las inteligencias artificiales hace imprecisa la línea entre los seres vivos y las emulaciones, por ello es que lo único que valida a un ser vivo como un humano con derechos es la misma existencia de su ghost, un atributo del cerebro humano que es implícitamente etéreo y lo faculta para generar la auto-consciencia, emociones, individualidad y todos los aspectos que pueden ser calificados como la «personalidad» o «alma». El ghost de un individuo puede incluso ser removido parcial o totalmente del cerebro y trasladado a implantes o maquinaria, siendo aun así el individuo reconocido como tal mientras este elemento permanezca intacto. De esta forma, la narrativa presenta una problemática que engloba a todas las anteriores: cómo definir la identidad (ya sea de un individuo o de una máquina).