La historia acontece en una ciudad llamada Romdeau, edificada para proteger a sus habitantes del ambiente catastrófico en el cual el planeta Tierra ha caído. Allí, los hombres (considerados "ciudadanos modelo") y AutoReivs, conviven en paz bajo un sistema completamente administrativo. Tal utopía se ve afectada por una serie de asesinatos cometidos por AutoReivs fuera de control contagiados con el virus Cogito, lo cual pone en peligro el delicado equilibrio del orden social; entretanto, tras bastidores, el gobierno dirige experimentos furtivos de una forma humanoide llamada Proxy, la cual se cree que tiene la llave para la supervivencia de la especie humana.
Re-L Mayer es asignada para indagar una serie de asesinatos con su AutoReiv, Iggy; durante estas pesquisas aparecen dos criaturas desconocidas con gran poder. Ella se da cuenta que el Proxy está implicado, aunque desconoce el significado real de esa palabra. Por otra parte, el otro protagonista, el inmigrante Vincent Law, esta de una manera conectado con el Proxy. Tras salir del domo, ambos protagonistas viajan alrededor del mundo visitando los domos para descubrir el significado real de los Proxy.

En Romdeau, el gobierno está divido en varias entidades: La agencia de inteligencia, la agencia de salud, de seguridad, entre otras nombradas en la serie, todas bajo el control del Administrador o "Regente". Respecto a los robots llamados AutoReiv el principal tipo es de compañía o Entourage. Varios son desarrollados con diversas funciones como la complejidad cibernética o integraciones para el combate.

Los humanos en la ciudad o domo son criados en capullos artificiales, pero aún compatibles biológicamente con sus ancestros humanos naturales. Varias veces en la serie se habla de que la capacidad de reproducción de los humanos ha terminado. Por ello, cuando una nueva persona es creada, solo es hecha para un rol específico en la sociedad, lo que llaman la "raison d'être", la razón de ser.